La zone d'emploi de Besançon compte 34 180 emplois dans la fonction publique. Elle concentre 14 % de l'emploi public régional, ce qui la classe au deuxième rang des zones d'emploi de la région après celle de Dijon. Elle est également seconde derrière celle de Mâcon pour son taux d'administration avec 112 emplois publics pour 1 000 habitants. Elle est aussi celle où l'emploi public pèse le plus dans l'emploi de la zone, regroupant un quart des emplois de ce territoire. La moitié relève de la fonction publique d'État, un quart du versant territorial et un quart du versant hospitalier. Le premier employeur public est le centre hospitalier universitaire de Besançon (5 900 emplois). Viennent ensuite la commune de Besançon (2 430 emplois), les collèges et lycées de la ville ainsi que l'université représentant chacun plus de 2 000 emplois. Hors métiers de l'enseignement, l'emploi public est particulièrement qualifié : 16 % d'agents sont cadres, la part la plus forte des zones d'emploi de la région. Les principales familles de métiers sont l'administration (7 500 emplois), l'éducation-formation-recherche (7 000 emplois) et les soins (6 000 emplois). Elles sont plutôt féminisées, entre 60 % et 80 % de femmes. Celles-ci représentent même 97 % des agents dans les métiers des services à la personne. Les métiers de l'administration, de l'entretien-maintenance et des technique-informatique-transports sont présents dans les trois versants de la fonction publique. Dans ces familles, près d'un agent sur cinq a 55 ans ou plus. Dans cette zone d'emploi, le personnel est plutôt jeune : près de 30 % des agents ont moins de 35 ans, soit trois points de plus qu'en moyenne dans la région.