L'aire urbaine de Pontarlier est la moins peuplée de Bourgogne-Franche-Comté. Elle détient à la fois l'accroissement naturel et le déficit migratoire les plus forts. Le niveau de vie de ses habitants est le plus élevé de la région, notamment parce qu'un quart des actifs en emploi, en particulier des ouvriers qualifiés, travaillent en Suisse frontalière, où les salaires sont nettement plus élevés qu'en France. Des actifs résidant dans l'aire de Besançon viennent travailler dans celle de Pontarlier, un flux moindre fait le déplacement inverse. Ils occupent en majorité des emplois tertiaires et dans une proportion élevée des fonctions métropolitaines. Les déménagements sont également nombreux avec Besançon : de jeunes Pontissaliens vont s'installer dans l'aire bisontine pour leurs études supérieures tandis que les nombreux déménagements d'actifs s'équilibrent entre les deux aires.