Les navettes quotidiennes des actifs se rendant à leur travail forment des réseaux d'échanges entre les aires urbaines et participent au développement économique. En Bourgogne-Franche-Comté, les aires urbaines de Dijon et Besançon animent une grande partie de ces déplacements. Elles ont des échanges limités entre elles mais sont au cœur d'un réseau composé de dix aires urbaines faisant système au niveau national parmi lesquelles on compte aussi Chalon-sur-Saône, Dole, Vesoul, Lons-le-Saunier, Montceau-les-Mines, Le Creusot, Beaune et Pontarlier. L'aire industrielle de Montbéliard est très liée à celle de Belfort, plus tertiaire qui échange également avec Mulhouse. Sens et Auxerre sont davantage tournées vers Paris, Mâcon vers Lyon. Nevers entretient quelques liens avec Paris et Clermont-Ferrand. Pontarlier et Montbéliard ont par ailleurs des relations économiques fortes avec la Suisse.