La comparabilité est assurée par l'application de concepts et définitions communs (Système européen des comptes SEC 2010). La comparabilité entre régions est assurée par la nomenclature NUTS. De plus, la comparabilité régionale des régions métropolitaines est assurée par une méthodologie unique appliquée à l'ensemble des NUTS.

A l'occasion des changements de base, l'ensemble des séries sont révisées sur l'intégralité de la période. A cette occasion, la continuité des séries est assurée et les éventuelles ruptures de séries dues à des changements justifiés de méthodologie sont lissées.

La cohérence entre données régionales et nationales est assurée par le process même d'estimation. En effet, selon les agrégats :
- soit les grandeurs sont estimées par régionalisation des agrégats nationaux, dans ce cas la cohérence est immédiate ;
- soit les agrégats régionaux sont estimés en propre puis recalés en fin de chaîne sur les agrégats nationaux afin d'en assurer la cohérence.

La cohérence des totaux nationaux des comptes régionaux avec les données nationales n'est pas assurée sur insee.fr entre la publication de la nouvelle campagne des comptes nationaux annuels fin mai et la publication des comptes régionaux de cette même campagne en janvier suivant ; en effet, dans l'attente de cette publication, seuls les comptes régionaux de la précédente campagne sont diffusés, et donc non alignés avec les comptes nationaux annuels pour les trois dernières années.

Les données régionales sont cohérentes entre niveaux imbriqués de NUTS, et entre niveaux imbriqués de NACE. Pour garantir cette cohérence, des contrôles d'agrégation sont implémentés au cours du processus d'estimation.