Selon la loi 51-711 du 7 juin 1951 sur l'obligation, la coordination et le secret en matière de statistiques, les données du RAE_M pouvant être diffusées sont soumises au secret statistique.
De plus, des règles de diffusion spécifiques au RAE_M ont également été établies dans le protocole n°2018_042NF signé entre le ministère des armées et l'Insee. Enfin, ces données sont couvertes par l'arrêté du 7 mai 2020 relatif  au respect et à la préservation de l'anonymat de militaires et de personnels civils du ministère des armées.

Compte-tenu de la nature, de la portée et des finalités du traitement réalisé par l'OED sur les données individuelles, le RAE_M fait l'objet d'une fiche de traitement (RGPD) et d'une analyse d'impact a été réalisée par l'OED dans le respect des articles 35 et 36 du RGPD. Les personnes en charge du traitement du RAE à l'OED sont habilitées au secret Défense.