Pour les comparaisons entre les pays de l'Union européenne, se référer aux indicateurs Eurostat.

À partir de CIS 2020, l'unité d'interrogation est l'entreprise au sens économique (unité légale indépendante ou entreprise profilée), et non plus l'unité légale. Les résultats des enquêtes 2020, 2022 et 2024 peuvent être comparés, mais des précautions sont à prendre pour les comparaisons avec les éditions précédentes.

Une rupture de série est à noter entre CIS 2016 et CIS 2018. En effet, à la suite de 4e édition du manuel d'Oslo, seuls deux types d'innovation sont désormais définis (produits ou procédés y compris organisation et marketing), contre quatre pour CIS 2016 (produits, procédés, organisation, marketing). Certaines questions, précédemment posées aux seules entreprises innovantes sont désormais posées à toutes les entreprises. Il faut donc être vigilant sur la comparaison entre les enquêtes CIS 2016 et antérieures et les enquêtes plus récentes.