Les différentes étapes de l'enquête garantissent que le processus répond aux exigences en matière de production statistique :           
- tirage stratifié de l'échantillon
- relances et contrôles des données en cours de collecte
- apurement
- redressement de la non-réponse totale
- calage
- redressement de la non réponse partielle
- winsorisation (contrôle de l'influence des unités atypiques)
- le questionnaire a été testé (au 4e trimestre 2012) dans le cadre du passage de l'enquête devant le comité du label début 2013

L'enquête présente un taux de réponse en hausse : 86,8 % (81,8 % lors de l'édition précédente pour laquelle les établissements étaient interrogés sur les dépenses courantes).

Avant toute exploitation, il est également utile d'apprécier la qualité des variables au travers de leur taux de non-réponse partielle et des intervalles de confiance fournis dans les indicateurs de qualité de l'enquête.

Cette année les taux de non réponse partiels sont plutôt faibles. Seule la variable I2 (part des investissements intégrés relevant de la protection de l'environnement) présente un taux de non réponse partielle supérieure à 6 %, mais il est seulement de 6,6 %.

Il faut donc garder à l'esprit lors de l'analyse de cette variable que 6,6 % des données ont été imputées.

Les autres variables présentent toutes un taux de non-réponse partielle inférieur à 6 %.

En terme de précision, les principales variables numériques présentent les coefficients de variation suivants :
Montant total des études pour protéger l'environnement (TOT_ETUDE) : 3,4 %
Montant total des investissements spécifiques (TI) : 3,4 %
Montant des investissements intégrés relevant de la protection de l'environnement (I2) : 3,5 %
Montant total des investissements (TI + I2) : 2,9 %

La précision se dégrade lorsqu'on s'attache à des domaines de diffusion plus fins. En particulier, les secteurs d'activité suivants présentent un coefficient de variation dépassant 20 % et sont à analyser avec précaution :

Pour le total des études pour protéger l'environnement (TOT_ETUDE) :
14-Industrie de l'habillement
33-Réparation et installation de machines et d'équipements
18-Imprimerie et reproduction d'enregistrements
27-Fabrication d'équipements électriques

Pour le total des investissements spécifiques (TI) :
14-Industrie de l'habillement
35-Production et distribution d'électricité, de gaz, de vapeur et d'air conditionné
33-Réparation et installation de machines et d'équipements
15-Industrie du cuir et de la chaussure
32-Autres industries manufacturières
27-Fabrication d'équipements électriques

Pour la variable TI également, la région 97 (Outre-mer) est dans le même cas.

Pour les investissements intégrés relevant de la protection de l'environnement (I2) :
15-Industrie du cuir et de la chaussure
18-Imprimerie et reproduction d'enregistrements
13-Fabrication de textiles
31-Fabrication de meubles
16-Travail du bois et fabrication d'articles en bois et en liège, à l'exception des meubles ; fabrication d'articles en vannerie et sparte

Pour la variable I2 également, les régions 97 (Outre-mer) et 94 (Corse) sont dans le même cas.

Pour le total des investissements (TOT_INVEST) :
14-Industrie de l'habillement
33-Réparation et installation de machines et d'équipements
35-Production et distribution d'électricité, de gaz, de vapeur et d'air conditionné
15-Industrie du cuir et de la chaussure
27-Fabrication d'équipements électriques

Pour la variable TOT_INVEST également, la région 97 (Outre-mer) est dans le même cas.