Le Système d'information sur les agents des services publics retrace la rémunération annuelle de chacun des salariés de la fonction publique. Du fait de son exhaustivité, il constitue une base de données particulièrement intéressante pour appréhender les écarts de rémunération entre les femmes et les hommes. Cet article s'intéresse à la contribution de cet écart à l'inégalité des rémunérations entre l'ensemble des salariés de ce secteur. On considère la rémunération nette totale reçue par chaque agent comme la somme de plusieurs éléments, l'un propre à son âge pour capter son avancement dans la carrière, un deuxième déterminé par son sexe et un dernier associé à d'autres caractéristiques ; on évalue alors la contribution du genre aux inégalités de rémunération, mesurées par l'indice de Gini, avec une décomposition inspirée de la valeur de Shapley. Cette décomposition attribue aux écarts de rémunération entre les hommes et les femmes une contribution de 10 % pour la catégorie A, 10,6 % pour la catégorie B et 11,7 % pour la catégorie C. D'importantes disparités apparaissent entre les différents versants de la fonction publique. Dans la fonction publique hospitalière, la contribution du genre est très faible hors catégorie A. Au contraire, dans la fonction publique d'État, toutes les catégories affichent une contribution du genre supérieure à 10 %, particulièrement dans les administrations centrales. Dans la fonction publique territoriale, la part des inégalités de rémunération attribuable aux différences de rémunération femmes-hommes est plus importante dans les catégories A et C que dans la catégorie B, et dans les autres établissements publics locaux que dans les collectivités territoriales.