Les différentes étapes de l'enquête garantissent que le processus répond aux exigences en matière de production statistique : 
- tests réalisés en amont de la collecte, auprès de xx entreprises.            
- tirage stratifié de l'échantillon 
- relances et contrôles des données en cours de collecte 
- apurement 
- redressement de la non-réponse totale 
- calage 
- redressement de la non réponse partielle 
- winsorisation.

Avant toute exploitation, il est utile d'apprécier la qualité des variables au travers de leur taux de non-réponse partielle et des intervalles de confiance fournis dans les indicateurs de qualité de l'enquête.

Les variables présentant des taux de non-réponse partielle élevés doivent être interprétées avec précaution, puisqu'une partie non négligeable de leurs réponses a été imputée.  

On peut citer notamment les variables suivantes (de 5 % à 31 % de non-réponse partielle, les variables étant listées par taux de non-réponse partiel décroissant) :    

EXPDESIGN, EXPDPI, EXPSFTW, EXEXPPCT, RMACX, RSERVX, REMPX, EXPMKT, EXPTRAIN, ROTRX, TURNIN, TURNMAR, EXPMAC, TURNNEW, RRDINX, EXAEXP, RRDEXX, et certaines variables sur le type de partenaires de coopération pour les activités d'innovation.

Il est également recommandé de prendre en compte la précision des estimations pour ces variables avant de les inclure dans l'analyse, en particulier pour une étude par domaines de diffusion.