Les différents milieux et habitats de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur constituent un patrimoine biologique et paysager admirable. La biodiversité s’y exprime sous de nombreuses formes : 71 % des espèces végétales de France métropolitaine, 85 % des espèces de mammifères, 70 % des espèces de reptiles et 63 % des espèces d’oiseaux sont présentes sur le territoire (Source : Agence régionale pour l’environnement) .

La région est dotée de beaucoup d’espaces naturels protégés et réglementés, qui contribuent au maintien de la biodiversité (figure 1). Ainsi, parmi les 7 parcs nationaux de France métropolitaine, 4 sont situés en Provence-Alpes-Côte d’Azur. La surface terrestre de ces 4 cœurs de parcs s'étend sur 136 000 ha, soit 4,3 % de la superficie régionale, auxquels s'ajoutent 46 000 ha de surface maritime. Le territoire est également riche de parcs naturels régionaux (PNR). En 2015, sur les 49 PNR que compte le territoire métropolitain, 7 se trouvent dans la région. Ils couvrent 23 % de la superficie régionale. Deux autres (Sainte-Baume et Mont Ventoux) sont en cours de création ou à l’étude. Le réseau Natura 2000, au cœur de la politique de conservation de la nature de l’Union européenne, vise à enrayer l’érosion de la biodiversité. Ces sites concernent 30 % de la superficie régionale. La moitié du département des Bouches-du-Rhône est classée Natura 2000.

Ce haut niveau de protection n’empêche pas l’artificialisation des sols qui contribue à fragmenter et à réduire certains habitats naturels. Dans la région, la part de surfaces artificialisées est passée de 7,0 % en 2006 à 8,7 % en 2014, progressant beaucoup plus rapidement qu’au niveau national. Cette hausse est particulièrement soutenue dans les Bouches-du-Rhône (+ 4,9 points), le Var et le Vaucluse (+ 2,1 points). Sur certains territoires, notamment les milieux agricoles ou l’arrière-pays provençal, se combinent pression foncière, modification des pratiques agricoles, urbanisation en expansion et mitage des sols.

Dans le contexte aggravant du changement climatique, cette artificialisation menace la biodiversité. Par exemple, entre 2003 et 2013, les effectifs des 68 espèces d’oiseaux communs de la région observées par le programme de suivi temporel des oiseaux communs (STOC) ont fortement diminué. C’est particulièrement vrai des espèces vivant dans les milieux bâtis (moineau domestique, martinet noir…) dont les effectifs ont reculé de 34 % (figure 2). Les effectifs des espèces spécialistes des milieux forestiers (geai des chênes, rouge-gorge familier…) et des milieux agricoles (alouette des champs, perdrix rouge…) se sont également contractés. Les espèces généralistes (mésange charbonnière, pigeon ramier…) sont moins touchées. La baisse des effectifs d’oiseaux communs est un phénomène qui touche l’ensemble des régions françaises.

En Provence-Alpes-Côte d’Azur, la qualité écologique des eaux de surface mesurée par l’IPR (indice poisson rivière) s’est nettement améliorée au cours des dernières années. La part des points de relevés signalant une qualité de l’eau excellente ou bonne est désormais voisine de la moyenne nationale. Entre 2008 et 2012, l’amélioration a été plus marquée dans la région qu’au niveau national.

L’utilisation de pesticides exerce une pression sur la biodiversité. En effet, s’ils éliminent les organismes contre lesquels ils sont utilisés, ils touchent également d’autres espèces que celles visées au départ. Entre 2008 et 2014, la proportion de points de relevés d’eau souterraine impropre à la consommation (c’est-à-dire dont la concentration moyenne en pesticides est supérieure à 0,5 μg/l) a été divisée par deux. Cette proportion est en-dessous de la moyenne nationale (8,5 % contre 9,1 % en 2014). Sur cette même période, la part de l’agriculture biologique dans les surfaces agricoles utilisées a été multipliée par deux.