La source Epure est construite à partir de trois sources administratives de trois partenaires :

1- L'Urssaf (Union de recouvrement des cotisations de sécurité sociale et d'allocations familiales) : les données fournies par les établissements aux Urssaf lors du paiement des cotisations sociales.
Les Urssaf assurent en effet la fonction de recouvrement des cotisations sociales servant au financement des trois branches de sécurité sociale (maladie, vieillesse et famille).
Epure repose ainsi sur l'exploitation trimestrielle des bordereaux récapitulatifs de cotisation (BRC) transmis par les établissements employeurs aux Urssaf.
Les établissements employant des salariés relevant du régime général de sécurité sociale ou d'un régime assimilé, remplissent chaque mois (pour ceux comptant 10 salariés ou plus) ou chaque trimestre (pour les autres), un tel bordereau récapitulatif de cotisation (BRC).
Les BRC fournissent, d'une part, les effectifs en fin de période et, d'autre part, le nombre de salariés rémunérés et les salaires versés au cours de la période.
La réception d'un fichier centralisé par l'Acoss comprenant les BRC en provenance des caisses Urssaf se fait par télétransmission à l'Insee.

2- La MSA (Mutualité Sociale Agricole ) gère la protection légale et complémentaire de l'ensemble de la profession agricole (exploitants et salariés agricoles, ainsi que leurs familles), soit plus de 4 millions de personnes.
La MSA encaisse des cotisations pour assurer leur couverture sociale (maladie, famille et vieillesse).
La MSA repose sur une structure décentralisée, avec au niveau national, la Caisse Centrale (CCMSA) et au niveau départemental ou pluri-départemental, des caisses de MSA (69 sur l'ensemble du territoire).
Contrairement aux Urssaf, le calcul des cotisations dues au régime agricole n'est pas effectué par le déclarant : après la fin du trimestre de référence, ce dernier notifie sa masse salariale à la CCMSA qui émet alors un titre de cotisations à payer.
De ce fait, pour un trimestre donné, les données sociales sont disponibles avec un trimestre de décalage par rapport aux Urssaf.
Les difficultés de traitement rencontrées par les caisses départementales font que le fichier des contrats de travail n'est disponible dans sa version provisoire que six mois après la fin du trimestre de référence.
L'unité de gestion dans les fichiers statistiques de la CCMSA est le contrat de travail. Le niveau établissement du dispositif Epure 2 nécessite donc un travail préalable de filtre et d'agrégation avant l'intégration dans l'application (sommation des contrats liés à un même établissement).
Par exemple, les apprentis absents de la source Epure sont éliminés lors de la sommation de même que les salariés relevant d'un particulier-employeur.

3- La DGFIP (Direction générale des Finances publiques - anciennement Comptabilité Publique) qui gère le traitement des fichiers de paye des trois fonctions publiques. Ces données forment le Système d'information sur les agents des services publics (SIASP).
Les données de ces trois sources sont intégrées dans le système d'information Epure.
Cette étape comporte des contrôles et redressements automatiques de l'identification des établissements et des données sur les effectifs et les salaires.
Le contrôle et l'apurement des données sont effectués de la manière suivante :
1. Contrôle de l'identification des établissements cotisants et traitement des anomalies d'identification après confrontation avec le répertoire Sirene. Il s'agit de corriger "l'identité" d'établissements cotisant reçus des Urssaf dont l'identification dans Sirene serait différente de celle figurant sur le bordereau récapitulatif de cotisations (activité, implantation géographique…) ;
2. Traitement des anomalies statistiques sur les effectifs et les salaires, en fonction de la vraisemblance des évolutions constatées de l'emploi compte tenu de la chronique passée.