Filières technologiques et formations courtes caractérisent l'enseignement supérieur franc-comtois

En matière d'enseignement supérieur, la Franche-Comté dispose d'une offre de formation diversifiée en particulier pour le premier cycle des études supérieures. L'académie de Besançon propose des formations spécifiques liées à son tissu économique régional. Ces formations sont techniques et plus souvent courtes (BTS, DUT). Les étudiants faisant leurs études en Franche-Comté sont davantage présents dans ce type de cursus que la moyenne des étudiants de France métropolitaine. Le taux de scolarisation devient inférieur à celui de la France métropolitaine à partir de 20 ans. Les aires d'influence des pôles d'enseignement supérieur de la région se limitent aux frontières régionales. La Franche-Comté attire peu les étudiants d'autres régions. Entre 2003 et 2008, davantage d'étudiants sont partis de Franche-Comté que d'étudiants sont venus s'y installer.