L'innovation bénéficie principalement à l'environnement
Dans l'industrie et les services technologiques et intellectuels, un peu plus de la moitié des entreprises franc-comtoises ont innové entre 2006 et 2008, proportion identique au niveau national. L'innovation organisationnelle est la forme la plus fréquente et concerne environ un tiers des entreprises régionales innovantes. L'environnement et l'innovation sont étroitement liés : 66 % des entreprises industrielles franc-comtoises innovantes ont introduit une innovation apportant un bénéfice environnemental. Pour financer leurs dépenses d'innovation, les entreprises ont principalement recours à des ressources internes, en complément ou non d'autres modes de financement. Ainsi, 29 % des entreprises industrielles franc-comtoises font appel à des aides publiques.