Des statistiques de qualité sont fondées sur une méthodologie solide. Cela nécessite des procédures, des compétences et des outils adéquats.
L'Insee participe à l'élaboration des normes internationales et communautaires par sa présence dans des institutions où il représente la France pour les questions statistiques. L'Institut définit les concepts, les méthodes et les nomenclatures qui sont appliqués au sein de l'ensemble du service statistique public. Il assure une veille scientifique sur les questions de méthodologie.
La coordination statistique est aussi assurée par la gestion des répertoires et fichiers administratifs confiés à l'Insee. Ainsi, le répertoire des entreprises et établissements (Sirene) est un moyen de maintenir une définition - commune à toutes les statistiques - des unités statistiques et leur classement unique dans la nomenclature d'activités économiques. La procédure de classement des entreprises par secteur et des établissements par branche est définie aussi de façon centralisée et l'interprétation des nomenclatures est de la compétence de l'Insee.
Le répertoire d'entreprises Sirene est alimenté en continu par différents partenaires administratifs (chambres de commerce et d'industrie, chambres d'agriculture, Urssaf...) ce qui lui évite les problèmes de sous-couverture. Des enquêtes d'amélioration du répertoire sont menées de manière régulière pour repérer les unités qui ont cessé leur activité sans être signalées comme telles.
Les échantillons des enquêtes ménages sont régulièrement actualisés : jusqu'en 2008, un échantillon-maître, construit à l'issue de chaque recensement de la population, était mis à jour durant la période intercensitaire par des échantillons de logements neufs construits après le dernier recensement à partir des fichiers de permis de construire. Depuis la mise en place du recensement rénové, qui assure une couverture partielle du territoire chaque année, une méthodologie complètement différente d'élaboration des échantillons est mise en œuvre.
La nomenclature d'activités utilisée au niveau français (NAF) est une déclinaison de la nomenclature européenne (NACE). De même, la classification des produits française (CPF) est une déclinaison de la nomenclature européenne (Classification statistique des produits associée aux activités dans la Communauté économique européenne - CPA).
Le code officiel géographique est repris au niveau européen dans la nomenclature des unités territoriales statistiques (NUTS).
En revanche, la nomenclature internationale de professions (ISCO) est assez différente de la nomenclature des professions et catégories socioprofessionnelles (PCS) utilisée au niveau français. Pour l'instant, les codages sont effectués en PCS puis une table de passage permet de coder en ISCO. Ceci n'est pas entièrement satisfaisant et dans le cadre de la nouvelle ISCO 2008 et de la réflexion sur le projet européen de classification économique (ESEC), de nombreux travaux d'études sont prévus pour envisager un codage direct en ISCO. À plus long terme, une refonte de la PCS prendra probablement en compte la nomenclature européenne de façon à converger vers une base commune.
L'Insee recrute principalement ses cadres statisticiens parmi les diplômés de deux écoles, l'École nationale de la statistique et de l'administration économique (Ensae) et l'École nationale de la statistique et de l'analyse de l'information (Ensai). Des recrutements complémentaires sont effectués (universités, etc.).
Les colloques nationaux et internationaux - auxquels l'Insee participe - sont une occasion d'échanges entre statisticiens des différents pays. Mentionnons en particulier : les congrès de l'Institut international de statistique (IIS) ou de la Société française de statistique (SFDS) qui organise en particulier le colloque francophone sur les sondages.
L'Insee est lui-même organisateur de débats méthodologiques. Les Journées de méthodologie statistique (JMS) sont organisées environ tous les deux ans par l'Insee. Elles accueillent des conférenciers de l'Insee ou de divers organismes réalisant des travaux statistiques. Ouvertes à toute personne intéressée par la méthodologie, elles sont l'occasion de rencontres entre statisticiens du service statistique public français et ceux issus du milieu universitaire ou des instituts statistiques étrangers.
Le Centre de recherche en économie et statistique (Crest) participe au développement de la recherche dans deux grands domaines : la modélisation des phénomènes économiques et sociaux et les méthodes statistiques. Il organise également des « séminaires recherche ».